溶解性是使用多肽时比较重要的问题。每个氨基酸都有其固有化学特性。如亮氨酸Leu、异亮氨酸Ile、颉氨酸Val是疏水性的，其他氨基酸如赖氨酸Lys、组氨酸His、精氨酸Arg是碱性亲水的，再如谷氨酸Glu、天冬氨酸Asp是酸性亲水的。因此不同的多肽因其组成不同而具有不同的溶解性。

     一般情况下，多肽首先选择溶解在灭菌的蒸馏水或去离子水中。因为多肽溶液可能遇到细菌降解。为避免该现象的发生, 多肽应溶解在无菌的蒸馏水中, 或者用 0.45 或 0.2 μm 孔径的滤膜过滤除菌 (如果条件允许则用无氧水)。建议先用少量肽来试验最适溶解方法，只有当多肽完全溶解后，才能加入溶液并将之稀释至最终浓度。即先溶解，后加入缓冲液。注意：总是将多肽加入到适当溶剂中搅拌，而不能采用其它方式。

    如果这个肽是不溶于水的，且其是酸性的，加入温和的碱如0.1%的NH3.H2O能够增加肽的溶解度。相反，对于碱性的肽，温和的酸如0.1%的醋酸或TFA(三氟乙酸)能够帮助多肽溶解。

    某些肽具有很高的疏水性时，不易溶解，可以用少量的DMF或DMSO帮助其溶解，这时推荐将多肽溶解于少量纯有机溶剂，然后用水或缓冲液将其稀释到正常的工作浓度。因为盐会导致疏水性多肽的聚合，所以必须在多肽完全溶解后加入缓冲液进一步稀释。当您遇到这种情况时，请您注意以下几点说明：

      a. DMF或DMSO的使用有助于多肽的溶解，这是通过破坏多肽的二级结构而助溶。

      b. 这种试剂的使用可能会对其生物活性及后续的研究工作造成干扰，请您在溶解时考虑此问题。

    疏水性多肽可以很容易地溶解在DMSO中。但DMSO可增加细胞的通透性，若多肽溶解于DMSO中则会对细胞产生毒性作用。高浓度的DMSO绝不可应用于细胞培养中。浓度为5%的DMSO即可让细胞膜溶解。大多数细胞株可以容忍0.5% DMSO，少许可以容忍1%的浓度，而不表现出严重的细胞毒性。然而原代细胞培养对其更敏感。所以如果是用原代细胞做剂量/反应曲线(可行性)，其浓度应低于0.1%。

经验:

对几乎所有的细胞来说，浓度为0.1%DMSO是安全的。

广泛被用于细胞培养的DMSO终浓度为0.5%，不会引起细胞毒性。

虽然对部份细胞来说，1%DMSO也不会产生细胞毒性，但我们推荐0.5%。

也有5%DMSO成功地应用于某些细胞的案例。

始终保持终浓度在0.5%，但储存时可200倍高浓度溶于100%的DMSO中。