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细胞穿透环肽
浏览量:399 | 2024/6/4 15:27:27


摘 要: 细胞穿透环肽能够穿透细胞膜,特异性地靶向细胞内靶标,并具有较好的体内稳定性,因而具备很好的成药性,并受到研究者越来越多的关注。目前,主要有两种方式获得细胞穿透环肽,即从天然产物中获得和对已有的环肽或线性肽进行化学修饰。本文主要对上述两方面进行简要综述,重点介绍两类细胞穿透环肽天然产物以及通过化学修饰方法得到细胞穿透环肽的策略,并探讨细胞穿透环肽的结构-活性关系及其细胞穿透机理。


多肽类药物是新兴的生物药物研发热门领域,全世界已经获批上市的多肽类药物超过 50 个。与小分子药物比较[1,2],多肽类药物具有结合面更大、作用靶向性更强、更安全、副作用更小、很少引起严重的免疫反应等优点[3,4],已经广泛应用于癌症、心血管病、代谢类和传染性病等各类疾病的治疗。


但是,常见的多肽分子存在无法跨越细胞膜,酶解稳定性差和口服生物利用度低等问题[5],导致大多数具有治疗作用的多肽药物很难进入细胞内发挥药效,且容易在体内降解[6],因此,多肽药物在实际应用中受到了极大的限制。为了克服多肽药物存在的问题,人们发现并发展了一类细胞穿透环肽分子,它们具有穿过细胞膜的能力,并能特异性地靶向细胞内靶标,体内稳定性高,口服生物利用度好,更具成药前景。另一方面,蛋白化学合成领域取得的一系列重要进展[7 ~ 15],促进研究者发展了一系列化学合成环肽的方法[16 ~ 20],为研究和改造环肽从而得到细胞穿透环肽奠定了技术基础,有效解决了细胞穿透环肽分子的获取问题。


本文重点介绍目前已经发现的细胞穿透环肽及其透膜机理,同时也简述各种获得细胞穿透环肽的化学修饰策略,最后讨论该领域存在的问题,并展望细胞穿透环肽的应用前景。


2 天然产物中的细胞穿透环肽


环肽是自然界中一类广泛存在的天然产物,可以通过核糖体或非核糖体途径合成,具有抗菌、镇痛、抗肿瘤、抗免疫等生理作用。其中,某些环肽具有穿透细胞膜的能力,即本文所述的细胞穿透环肽环孢素( cyclosporine A)和植物环肽( cyclotides)。


2. 1 环孢素及透膜机理
环十一肽 cyclosporine A(CSA)环肽是一种用于移植手术后的抗免疫治疗药物。CSA 于 1969 年在真菌 Tolypocladium inflatum 中被发现,通过非核糖体途径合成[21],含有一个 D 型丙氨酸和一个非天然氨基酸,并且在多肽骨架上含有 7 个 N-甲基化的氨基酸残基( 图 1A)。CSA 可以穿透淋巴细胞膜,与淋巴细胞内的亲环素( cyclophilin) 结合[22],通过抑制钙调磷酸酶( calcineurin) 的活性,使淋巴细胞的白细胞介素 2 ( IL-2) 分泌量减少,从而抑制 T 细胞的激活,起到抑制免疫的作用。研究者解析了 CSA的晶体结构[23,24],并用二维 核 磁 共 振 研 究 了 CSA在极性和非极性溶剂环境下的动态结构[24 ~ 27] ( 图1B)。实验表明,CSA 在非极性溶剂和晶体结构中形成三对分子内氢键,同时,由于有 7 个环肽骨架上的 N 甲基化,所以在这种构象下 CSA 的所有氢键给体都被锁定或掩蔽,有利于其在非极性环境下的溶解,降低其在细胞膜中的吉布斯自由能。

2. 2 植物环肽及透膜机理
植物环肽也是一类具有重要药物价值的环肽分子。植物环肽通过核糖体途径合成,氨基酸残基数一般在 28 ~ 37,是来源于植物的天然产物[35]。目前已经发现植物环肽具有很多生物活性,比如抗细菌、抗虫、抗病毒、蛋白酶抑制剂等[29 ~ 31]。植物环肽主要分为两类: “莫比乌斯型”( the Mbius cyclotides)和“手镯型”( the bracelet cyclotides)。还存在名为胰蛋白酶抑制剂的第 3 亚类,这类植物环肽仅包括MCoTI-Ⅰ和 MCoTI-Ⅱ 两个环肽。不同类型的植物环肽都具有类似的结构(图 2),多肽链 N 端和 C 端由酰胺键环合,6 个半胱氨酸形成 3 对二硫键,其中 对二硫键从另外两对的中间穿过,形成环胱氨酸节( cyclic cystine knot,CCK) 的结 构。特 殊 的 CCK结构使得植物环肽的热稳定性、化学稳定性和酶稳定性很高,即便经过煮沸也仍然具备很高的生物活性[32]。植物环肽包含 6 个环域( loop),其中某些环域是可变的,故而可以在植物环肽上嫁接具有生理活性的多肽片段,利用植物环肽在体内的稳定性和较好的生物利用度,提高多肽片段在体内的稳定性和存留时间[33]。

Craik 等首次报道了可以穿过细胞膜的植物环肽 MCoTI-Ⅱ, 其 可 以 通 过 大 胞 饮 作 用(macropinocytosis) 被 细 胞 摄 取[34]。此 后,Camarero等在活细胞水平上证实了 MCoTI-Ⅰ也可以穿过细胞膜[35]。除 MCoTI-Ⅱ、MCoTI-Ⅰ外,Craik 等发现植物环肽 kalata B1 和 另 一 种 存 在 于 植 物 中 的 环 肽STFI-1 都可以穿过细胞膜[36]。

研究表明,现已发现的植物环肽来源的 4 个细胞穿透环肽的跨膜机理各不相同。MCoTI-Ⅱ通过细胞主动摄取的方式进入细胞。荧光成像跟踪技术表明,MCoTI-Ⅱ出现在吞噬小体中,并且细胞摄取过程对温度敏感,说明 MCoTI-Ⅱ 的跨膜过 程 是 主 动 过程,需要消耗能量[36]。MCoTI-Ⅰ的跨膜机理则较为复杂,是流体相内吞作用( fluid-phase endocytosis)、依赖脂质的内吞作用和网格蛋白介导的内吞作用等共同作用的结果[35]。而植物环肽 kalata B1 有细胞毒性,超过一定浓度时会导致细胞膜破裂,引起细胞死 亡。实 验 发 现,kalata B1 和 磷 脂 酰 乙 醇 胺( POPE ) 有 相 互 作 用,可 以 引 起 POPE 外 翻( transbilayer movement),从而导致细胞膜两侧的不对称。Craik 等猜测 kalata B1 通过与细胞膜的相互作用,改变细胞膜的曲率,从而引起细胞的内吞作用[36]。另一方面,kalata B1 与细胞膜的亲和性与脂筏相关,带负电的胆碱并不是细胞膜与 kalata B1 发生强相互作用的原因[37]。


植物环肽细胞穿透过程的研究还处于较初级的阶段。一方面,其结构在跨膜过程中的作用还不够明确。在研究植物环肽的跨膜过程时,实验条件的差异会导致不同的实验结果。比如实验中选择的细胞系对内吞方式的偏好程度不同、所用植物环肽的浓度不同等,都会对结果产生影响。同时,当前只能通过改变残基的方式来探究各个位点对整个跨膜过程的贡献,还无法实时监测环肽的构象变化对跨膜过程的影响。另外,对跨膜过程中的细胞吞噬行为的理解十分有限。除对网格蛋白介导的吞噬作用和细胞膜窝样内陷( caveolae) 介导的吞噬作用理解较多外,生物学家对其他类型的细胞内吞行为的理解并不深入。这也阻碍了研究者对植物环肽跨膜过程的进一步理解。因此,发展新型技术研究植物环肽跨膜特性的结构-活性关系仍是一个尚待解决的科学问题。


3 人工改造的细胞穿透环肽


细胞穿透环肽具有很好的成药前景,这促使研究者利用化学合成手段对多肽分子进行改造,以期获得兼具强生理活性和跨膜能力的环肽分子,甚至环肽库。下面将从 CSA 的改造、植物环肽的改造和线性肽环化等三方面策略进行介绍。


3. 1 基于 CSA 的改造策略

基于 CSA 的细胞穿透环肽的设计思路包括调节环肽的构象和多肽骨架酰胺 N-甲基化两方面。


3. 1. 1 环肽构象与跨膜能力
受到 CSA 在极性和非极性溶剂中构象变化的启发,研究者开始关注多肽构象与分子跨膜能力之间的 关 系[38 ~ 40]。Lokey 等 系 统 地 研 究 了 环 六 肽Leu-Leu-Leu-Leu-Pro-Tyr 的不同非对映异构体的构象和 跨 膜 能 力 之 间 的 关 系[41] ( 图 3 )。实 验 使 用CDCl3 模拟细胞膜环境来研究环六肽在细胞膜中的动态构 象。H /D 交 换 实 验 则 用 于 研 究 酰 胺 键 上N—H 键 在 溶 剂 中 的 暴 露 程 度。实 验 结 果 表 明,N—H键的溶剂可及性( solvent accessibility) 与环肽跨膜能力间具有相关性,溶剂可及性较低的分子跨膜能力更强。

为了更加定量地研究并预测环肽被动扩散跨膜的能力,Lokey 和 Jacobson 等提出了一种新的预测方法[42]。假设环肽在细胞膜中的构象(低介电环境构象 low-dielectric conformation,LDC) 只有一种,他们指出,经典的扩散模型 Pe = KpD / d 中的 Kp应理解为 LDC 在细胞膜和水相中的分配系数,而不是通常实验所测得的所有构象下的平均值。他们提出,可以通过分子动力学计算得到 ΔGI ( 利用公式 ΔGI =- RTlnKp ),从而可以理论计算出渗透率。他们指出,这个模型的预测能力比预测氢键数目和预测极性表面积更加准确。尽管他们计算出的 ΔGI和实验测得的 lnPe呈线性关系,但比例系数却并不一致,因为计算中没有考虑熵效应;另外,环肽分子尺寸和形状等因素也没有考虑在内,并且实验验证量很小,其模型的正确性还有待检验。


对经被动扩散跨膜的环肽而言,预测并通过化学修饰的方法改变 LDC 构象,从而减小环肽从水相向细胞膜迁移中的吉布斯自由能变是研究的关键点。所以,认识化学修饰对环肽构象的影响是其中重要的科学问题。然而,在现有的被动扩散跨膜的环肽实例中,其残基基本都是不带电荷并且是非极性的,说明这种跨膜策略对氨基酸残基的要求较高,对极性和带电荷的残基的容忍度较低。针对这个问题,可以适当引入容忍度较大的非天然氨基酸以提高被动扩散策略下环肽的多样性;另一方面,可以利用细胞内外 pH 或酶活性的差异,设计 pH 响应或酶响应残基,在细胞外其极性被掩蔽,在细胞内去掩蔽,激活环肽的正常生理活性。


3. 1. 2 N-甲基化与跨膜能力

除了多肽构象变化对跨膜能力有贡献,多肽骨架的酰胺 N-甲基化对跨膜能力也有影响。骨架酰胺 N-甲基化修饰在天然产物中很常见。在特定位置引入 N-甲基可以增强多肽与受体间的相互作用、增强多 肽 对 靶 标 的 选 择 性 或 改 变 蛋 白 的 聚 集 行为[43 ~ 45]。


按 照 此 思 路,Kessler 等 为 改 善 VeberHirschmann 环六肽( cyclo ( -PFwKTF-) ) 的口服生物利用度,系统地研究了 N-甲基化在其中的作用[46](图 4)。他们发现,在特定位置引入 N-甲基后,环肽 分 子 的 口 服 生 物 利 用 度 从 无 法 检 出 提 高 到9. 9% 。其原因是 N-甲基化增加了环肽分子的脂溶性,使其更容易穿过细胞膜。之后,Kessler 等又报道了生长激素抑制剂类似物 MK678 的 N-甲基可以提高口服活性,并暗示该结果可能由 N-甲基化增强环肽跨膜能力造成[47]。他们用分子模拟的方法发现口服活性最高的分子在水相中的构象与 CSA 很相像。但此后,Kessler 和 Hoffman 等发现甲基化目与跨膜能力之间没有必然联系[48]。

Jacobson 和 Lokey 等进一步系统地研究了 N-甲基化对环肽构象和跨膜能力的影响[49] ( 图 5 )。他们研究了环六肽 Leu-Leu-Leu-Leu-Pro-Tyr 的不同非对映异构体在树脂上的甲基化反应。他们发现,一定条件下,挂在树脂上的其中 6 个构型的环六肽的甲基化反应具有区域选择性(选择性大于 95% )。在具有区域选择性的环肽进行 H /D 交换实验时发现,未甲基化的环肽分子的所有 N—H 暴露在溶液中;而部分甲基化的衍生物 中 未 发 生 N-甲 基 化 的N—H 并不暴露在溶液中。他们指出,上述区域选择性可能来源于产物分子的游离 N—H 被位阻或分子内氢键限制,无法继续甲基化。实验表明,部分甲基化的多肽的跨膜能力更强。他们通过理论计算指出,区域选择性甲基化产物是所有衍生物中跨膜能力最强的,因而在极性较低的溶剂环境中所进行的甲基化反应有利于生成跨膜能力最强的衍生物。但这一甲基化方法却无法得到其他构型的最优甲基化位点,也就是说,该甲基化策略下的区域选择性是其穿透细胞膜的充分不必要条件。他们也发现,将其1、3、4 位的亮氨酸分别改为丝氨酸后,其跨膜能力大幅下降,说明 N-甲基化策略只适用于某些氨基酸残基。有意思的是,他们指出,在该实验中发现的甲基化 位 点 与 前 述 Kessler 等 针 对 Veber-Hirschmann所得到的甲基化位点[46]一致,他们猜测其中的 β-转角(β-turn)结构指导了跨环分子内氢键的形成。

以上工作表明,N-甲基化可以通过改变环肽在水相中的构象来提高其跨膜能力。在前人工作的基础上,Kessler 等系统地研究了 N-甲基化对环肽构象的影响[50]。他们选择环六肽 cyclo( -D-Ala-Ala5 -) 作为研究对象,分析不同 N-甲基化衍生物在水相中的二维核磁结构。他们认为 N-甲基化会从以下三方面影响环肽 β-转角结构的形成,从而导致跨环分子内氢键的出现: ( 1 ) 肽键的顺、反式; ( 2 ) 对骨架上N—H 氢键的掩蔽作用;(3 ) 扭曲环肽原本的结构。他们发现,实验中所得到的一些典型的 β-转角结构在前人 发 现 的 N-甲 基 化 细 胞 穿 透 环 肽 中 有 对 应物[22,4 6 ,47]。另外,他们指出某些结构特殊的氨基酸可以起到在环肽中引入 N-甲基化或 D-型构象的作用,例如 α-N 甲基化的脯氨酸和具有对称性的甘氨酸。


以上这些发现对细胞穿透环肽的设计有指导作用,但是其中仍存在一些问题。比如,研究系统多是环六肽,所以无法知晓当环增大后,跨环氢键与 N-甲基化之间具有怎样的协同或其他相互影响。同时,其他位置 N-甲基化对 β-转角的形成有怎样的影响也不明了;同时,环增大后,基于筛选的 N-甲基化策略将变得更为困难,因为需要合成的衍生物数量呈指数上升。所以,需要发展可以快速得到大量细胞穿 透 环 肽 的 N-甲 基 化 修 饰 方 法。Jacobson 和Lokey 等[49]报道的选择性甲基化的工作对此具有一定启发性,但是距离目标实现还有较大差距。


3. 2 基于植物环肽的改造策略
基于植物环肽的细胞穿透环肽的设计思路是将具有生物活性的多肽序列嫁接到植物环肽骨架上。起初,研究者将特殊活性序列嫁接到植物环肽上以期提高序列的体内稳定性。例如 Daly 等将 VEGF-A拮抗剂嫁接入 Kalata B[51]。之后,研究者发现嫁接多肽可以透过细胞膜并提高口服生物利用度[33]。利用 MCoTI-Ⅰ 的 跨 膜 特 性,Camarero 等 将 靶 向Hdm2 和 HdmX 的 α 螺旋序列插入 MCoTI-Ⅰ的 6 号环域,得到 MCo-PMI 嫁接肽(图 6)。MCo-PMI 能够抑制 Hdm2 和 HdmX 作用,激活抑癌因子 p53 的活性[52]。在小鼠模型上证实,当给药量在 40 mg / kg时,小鼠肿瘤增长显著减缓。说明嫁接多肽 MCoPMI 确实可以穿过细胞膜,靶向胞内的靶标。

虽然目前已经发现一些植物环肽可以通过细胞膜,并且其中的某些环肽如 MCoTI 和 Kalata B 作为多肽骨架被用于嫁接多肽的研究,但是由于植物环肽的跨膜方式多为细胞主动摄取,需要消耗能量,并且过程复杂,机理不明。同时,其过程不像被动扩散一样广泛存在于小分子药中。因此,植物环肽跨膜效率仍不明确,对不同细胞的耐受度也不清楚。故而,需要进一步搞清介导植物环肽跨膜的分子机制;同时,还需要系统地研究可以进入细胞膜的植物环肽在人体内的药代动力学,搞清其跨膜效率及在体内的分布状况。在对植物环肽的跨膜结构基础和药代动力学认识深入后,可利用化学手段优化环肽结构,使其在体内的行为更符合成药的要求。


3. 3 基于线性肽的改造策略

为使线性肽环化后得到环肽具有细胞穿透能力,通常使用的策略包括侧链环化的“订书肽”策略和在环肽中引入细胞穿透序列。


3. 3. 1 订书肽
2000 年,Verdine 小 组 提 出 了 订 书 肽 ( stapledpeptides)的概念(图 7),即将 α 螺旋上两个氨基酸残基的侧链用一定长度的碳氢链相连,从而有效稳定线性肽的 α 螺旋结构[53]。利用该技术,该小组在2004 年报道了一条靶向 BCL-2 介导的细胞凋亡过程的订书肽( stabilized alpha-helix of BCL-2 domains,SAHBs)[54]。他们发现,该 SAHB 可以在流体相细胞内吞介导下穿过 Jurkat 白血病细胞的细胞膜。之后研究者发现并研究了一系列可以通过细胞膜的订书肽[55 ~ 58]。结合 N-甲基化增强跨膜能力的策略,Lin 等将 N-甲基化引入订书肽中,进一步提高了订书肽的跨膜能力[59]。这里需要指出,订书肽在水相中的结构明确,适当地引入化学修饰不会剧烈地影响其结构,故而相比结构多变的普通环肽,更容易在保持多肽原有活性基础上,利用 N-甲基化等修饰化学方法提高其跨膜能力。

3. 3. 2 环化的细胞穿透肽

细胞穿透肽 ( cell penetrating peptides,CPP) 是一 类 能 够 穿 过 细 胞 膜 的 线 性 肽,包 括 穿 膜 肽( penetratin )[60]、转 录 激 活 因 子 ( trans-activator oftranscription,Tat ) 片 段[61]、Pep-1[62]、多 精 氨 酸( polyarginines)[63] 等。CPP 可 以 通 过 细 胞 主 动 摄取[64]或非能量依赖的转运过程[65,66]进入细胞,并能将与之共价或非共价连接的蛋白或核酸运入细胞。细胞穿透肽常带有相当多的精氨酸,表面带正电,能够与细胞膜表面的负电荷发生静电作用,增强与细胞膜的相互作用。这类多精氨酸的 CPP ( arginine richpeptides,RRP) 通过与细胞膜相互作用使细胞膜变薄,产生瞬时孔从而穿过细胞膜。利用 CPP 能够将与其共价连接的分子带入细胞的特点,Pei 等将 CPP共价地连接到环肽分子上,成功实现了环肽分子跨膜[67]。但是,直接修饰的 RRP 分子细胞穿透能力差,有时具有细胞毒性,引起细胞坏死[68 ~ 70]。


为提高 CPP 的跨膜效率,Herce 和 Cardoso 等将Tat 和多精氨酸进行首尾环化,RRP 的环化使其与细胞膜结合时的熵减效应降低,提高跨膜效率[71]。另外,环 化 后 胍 基 间 距 离 的 增 大 也 有 利 于 跨 膜。Parang 等提出另一种利用 CPP 的思路:具备两亲性且结构刚性的环肽可能能够通过细胞膜[72]。他们基于这一猜测进行理性设计和筛选,发现环肽[TrpArg]4 (图 8)和[Trp-Arg]5 有较高的跨膜效率,并显示出 非 细 胞 内 吞 依 赖 ( non-endocytosis ) 的 特 点。[Trp-Arg]4 不仅可以将共价连接的小分子药物运入细胞[73],还能与磷酸化线性肽形成复合物并将之送入膜内[74]。

Pei 等还设 计 了 含 CPP 结 构 单 元 的 环 肽 分 子(图 9),即在环尺寸为 7 ~ 13 个残基的环肽中引入一段 CPP 小片段帮助环肽进入细胞[75]。在实验中,他们发 现 将 Phe-Φ-Arg4 ( 其 中 Φ 为 L-2-萘 基 丙 氨酸)插入残基数为 7 ~ 13 的环肽后,环肽经内吞进入细胞的能力增强。该序列甚至可以将难以跨膜的磷酸化氨基酸残基带入胞内。

上述环化 CPP 的研究发现,正电荷、环化和疏水氨基酸的引入都会增强环肽与细胞膜间的相互作用。其中,精氨酸和色氨酸在多肽与膜间的相互作用中具有重要作用[76](图 10)。色氨酸的残基具有π-电子共轭体系,可以与阳离子发生阳离子-π 相互作用,故而色氨酸一般处在水相与细胞膜之间的交界处,与磷脂分子带正电荷的含氮碱基存在相互作用。精氨酸的胍基是双齿氢键给体,可以与细胞膜表面的氢键受体形成双重氢键,有效提高其与膜间的相互作用[77]。

4 结论


与普通线性多肽相比,细胞穿透环肽具有较好体内稳定性,并能够穿过细胞膜而特异性结合细胞内靶标,具备很好的成药性,因此细胞穿透环肽已经成为当前药物研究的新热点。本文从天然产物来源和人工改造来源两方面综述了细胞穿透环肽领域的研究进展及发展前景。在化学合成获得所需环肽分子的基础上,我们仍然需要进一步理解环肽分子的跨膜机理、环肽分子与受体或膜间相互作用的分子机制和具体过程,以设计、改造得到具有细胞穿透活性的环肽药物。


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