DABCYL/ EDANS，DABCYL/6-FAM，TAMRA/6-FAM，Abz/Tyr(3-NO2), Mca/Dnp
合肥肽库生物科技可以提供一些稳定同位素修饰的多肽，主要有N15, C13 以及D代修饰，由于稳定同位素氨基酸原料都比较贵，建议选择一些简单氨基酸进行标记，如Gly,Val,Phe,Leu,Ala等。
影响合成多肽稳定性的因素包括脱酰胺、氧化、水解、二硫键错配、消旋、β-消除、聚集等，研究显示合成多肽中最常见的降解产物是脱酰胺产物、氧化产物、水解产物。在组成多肽的各种氨基酸中，天冬酰胺、谷胺酰胺易于发生脱酰胺反应（尤其是在pH值升高和高温条件下）；甲硫氨酸、半胱氨酸、组氨酸、色氨酸、酪氨酸最易氧化，对光照也较为敏感；天冬氨酸参与形成的肽链较易断裂，尤其是Asp-Pro和Asp-Gly肽键。由于一个多肽分子中通常会含有多种不稳定性的氨基酸残基或肽键，因此合成多肽可能的降解机制和降解产物较为复杂。而多肽的聚集主要是由于疏水作用引发的，尽管目前还很难准确预测哪些多肽易发生聚集，但至少对于一些中长肽而言需对可能存在聚合物进行研究。
如果是合成C端是羧酸多肽以选择Wang Resin, 如果是合成C端是酰胺多肽可以择Rink Amide AM Resin或Rink Amide MBHA Resin. 如果是合成全保护多肽的可以选择2-Cl Trt Resin.
计算Fmoc保护氨基酸树脂Loading通常有二种,一种是增重法,增加的重量除以增加的分子量再除以树脂总的重量. 另外一种是通过紫外分析,目前本公司提供的都是紫外分析的Loading值.
通常荧光染料化合物带有羧酸或者NHS活化酯，所以与多肽接合时需要多肽有氨基官能团，所以通过在序列中可以修饰在Lys侧连氨基上，在C端时需要增加Lys或通过乙二胺（ED：NH2CH2CH2NH2）连进行连接。如Lys（Biotin），ED-Biotin，EDDnp等。
Maps是多重抗原多肽，是将线型多肽的C端连接在二个，四个等Lys上形成的分枝多肽，从而增大了整个分子的大小，通常有2支，4支，8支结构。合成Maps多肽时由于缩合时的不均一性，多肽产物与非目标肽性质相似，因而很难除HPLC纯化也很难提供质谱鉴定。建议进行氨基酸组分分析。
PEG修饰剂又称聚乙二醇修饰剂，修饰性PEG，PEG修饰剂等。是带有官能团的聚乙二醇，目前主要用于蛋白质药物修饰，以增加体内半衰期，降低免疫原性，同时还可以增加药物的水溶性。近几年来修饰性PEG在制药研发中应用广泛，在药物药效缓释中起到重要作用。
PEG修饰剂常见的修饰基团大致可总结如下：氨基（-Amine）-NH2，氨甲基-CH2-NH2，马来酰亚胺-Mal，羧基-COOH,巯基（-Thiol）-SH，琥珀酰亚胺碳酸酯-SC，琥珀酰亚胺乙酸酯-SCM，琥珀酰亚胺丙酸酯-SPA，琥珀酰亚胺-NHS，丙酸基-CH2CH2COOH，醛基-CHO，丙烯酸基-Acrylate，丙烯酸基-AC，叠氮基-Azide，生物素基-Biotin，荧光素基-Fluorescein，戊二酸基-GA，酰肼基-Hydrazide，炔基-Alkyne等。PEG修饰剂常见分类：（1）直链PEG修饰剂：mPEG （2）双官能团修饰剂：HCOO-PEG-COOH，NH2-PEG-NH2，OH-PEG-COOH，OH-PEG-NH2，HCL·NH2-PEG-COOH，MAL－PEG－NHS， （3）根据分子量的大小又有2000，3000，5000，10000，20000等 所以在进行PEG化修饰时需要确定PEG的种类，官能团要求以及分子量大小范围。
是的，Pseudoproline Dipeptides可以在多肽缩合中，减少多肽的Alpha转角以及Beta折叠空间结构的产生，使得多肽保持线性，有利于多肽的合成，提高多肽的粗品纯度。Pseudoproline的结构在多肽用TFA切割时同时会去掉，得到正常的多肽。Pseudoproline Dipeptides主要有Fmoc-AA-Ser(Psi(Me,Me)pro)-OH，Fmoc-AA-Thr(Psi(Me,Me)pro)-OH二大系列，AA代表氨基酸。如果有侧连的，侧连带保护。如Fmoc-Ser(tBu)-Ser(Psi(Me,Me)pro)-OH Fmoc-Asp(OtBu)-Thr(Psi(Me,Me)pro)-OH
TAT peptide 序列为Tyr-Gly-Arg-Lys-Lys-Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Arg （RKKRRORRR）可以携带多肽穿膜。
环肽包括Cys-Cys之间形成的硫硫键（S-S），即氧化肽，可以提供一对S-S，二对S-S，三对S-S的多肽合成，也可以提供多肽分子间的氧化，包括同一条多肽间形成二聚体，二条不同多肽间的氧化等。另外也提供酰胺成环，包括头尾环肽，侧连环肽等。也可以提供一些酯键，硫酯键等环肽的合成。
点击化学的代表反应为铜催化的叠氮-炔基Husigen环加成反应（Copper-Catalyzed Azide–Alkyne Cycloaddition）。点击化学的概念对化学合成领域有很大的贡献，在药物开发和生物医用材料等的诸多领域中，它已经成为目前最为有用和吸引人的合成理念之一。具体在多肽中应用主要是在多肽中带有叠氮基或炔基官能团，常用的化合物有以下几种可以选择。Fmoc - 4 – azidophenylalanine Fmoc - Phe(N3) - OH; Fmoc – Azidohomoalanine Fmoc - D – propargylglycine Fmoc - D - Pra - OH Fmoc - L - propargylglycine Fmoc - L - Pra - OH Fmoc - Lys(N3) – OH Fmoc - azidolysine; Fmoc - lys(azide); Azidoacetic acid 6-Azidohexanoic acid Propiolic acid
主要有Lys(Me), Lys(Me2), Lys(Me3) 以及Orn(Me), Orn(Me2), Orn(Me3)，Arg(Me), Arg(Me2,Symetrical) , Arg(Me2,ASymetrical）
多肽C端硫酯修饰后可以应用于Native chemical ligation反应，与另外一条N端为半胱氨酸的多肽在中性条件下发生化学选择之硫酯转移反应(chemoselective transthioesterification)，重排成酰胺键，实现二条多肽间的连接。可以应用于长肽通过片段进行连接。
经常有一些多肽需要与一些药物或者特定功能的化合物进行连接，或者要把多肽连接到某些载体上去，需要化学键进行结合，一般多肽具有氨基或羧酸官能团可以考虑下相应的羧酸或氨基进行缩合，另外一种选择是通过巯基（thiol）与马来酰亚胺（Maleimide）在PH 8的环境下连接。多肽中可以同过带有Cys或者Maleimide官能团进行修饰。Maleimide修饰通常可以选择化合物3-Maleimidopropionic Acid (CAS 7423-55-4)实现。
多肽固相合成法是多肽合成化学的一个重大的突破。它的最大特点是不必纯化中间产物，合成过程可以连续进行，进而为多肽合成的自动化奠定了基础。目前全自动多肽的合成，基本都是固相合成。其基本过程如下：基于Fmoc化学合成，先将所要合成的目标多肽的C-端氨基酸的羧基以共价键形式与一个不溶性的高分子树脂相连，然后以这一氨基酸的氨基作为多肽合成的起点，同其它的氨基酸已经活化的羧基作用形成肽键，不断重复这一过程，即可得到多肽。根据多肽的氨基酸组成不同，多肽后处理方式不同，纯化方式也有差异。
